Jika Anda menggunakan SQL Server 2008 filter Indeks mungkin akan menjadi solusi Anda:
http://msdn.microsoft.com/en-us/library/ms188783 .aspx
Inilah cara saya menerapkan Indeks Unik dengan beberapa nilai NULL
CREATE UNIQUE INDEX [IDX_Blah] ON [tblBlah] ([MyCol]) WHERE [MyCol] IS NOT NULL