SQL Server FTS akan lebih mudah dikelola untuk penerapan kecil. Karena FTS terintegrasi dengan DB, RDBMS menangani pembaruan indeks secara otomatis. Kekurangannya di sini adalah Anda tidak memiliki solusi penskalaan yang jelas untuk mereplikasi DB. Jadi jika Anda tidak perlu menskalakan, SQL Server FTS mungkin "lebih aman". Secara politis, sebagian besar toko akan lebih nyaman dengan solusi SQL Server murni.
Di sisi Lucene, saya lebih menyukai SOLR daripada Lucene. Dengan salah satu solusi, Anda harus melakukan lebih banyak pekerjaan untuk memperbarui indeks saat data berubah, serta memetakan data sendiri ke indeks SOLR/Lucene. Kelebihannya adalah Anda dapat dengan mudah menskalakan dengan menambahkan indeks tambahan. Anda dapat menjalankan indeks ini pada server linux yang sangat ramping, yang menghilangkan beberapa biaya lisensi. Jika Anda mengambil rute Lucene/SOLR, saya akan bertujuan untuk memasukkan SEMUA data yang Anda butuhkan langsung ke dalam indeks, daripada mengembalikan pointer ke DB di indeks. Anda dapat menyertakan data dalam indeks yang tidak dapat ditelusuri, jadi misalnya Anda dapat menyimpan HTML atau XML yang telah dibuat sebelumnya dalam indeks, dan menyajikannya sebagai hasil penelusuran. Dengan pendekatan ini, DB Anda mungkin tidak aktif, tetapi Anda masih dapat menyajikan hasil penelusuran dalam mode terputus.
Saya belum pernah melihat perbandingan kinerja head-to-head antara SQL Server 2008 dan Lucene, tetapi saya ingin melihatnya.