Anda benar, System.Data tidak ada (saya mencari hal yang sama ketika saya pertama kali mulai bermain-main dengan WinRT). Anda juga tidak akan dapat merujuknya. Jika Anda ingin berbicara dengan database SQL, Anda perlu menggunakan beberapa jenis protokol lain (WebService, SOAP, WCF, dll.).
Ada port untuk SQLite yang tersedia yang tampaknya berfungsi yang akan memberi Anda opsi DB lokal tetapi bukan yang berbasis server tanpa menggunakan semacam perantara untuk sampai ke DB.
Sebagai catatan tambahan, saya pribadi ingin melihat aplikasi Metro desktop yang dapat terhubung ke Database SQL Express misalnya tetapi saat ini tidak ada dalam kartu tanpa melompati rintangan.