Database SQL Server menggunakan dua file - file MDF, yang dikenal sebagai file database utama, yang berisi skema dan data, dan file LDF, yang berisi log. Lihat wikipedia. Database juga dapat menggunakan file database sekunder, yang biasanya menggunakan ekstensi .ndf.
Seperti yang ditunjukkan John S., ekstensi file ini murni konvensi - Anda dapat menggunakan apa pun yang Anda inginkan, meskipun saya tidak dapat menemukan alasan yang tepat untuk melakukannya.
Info lebih lanjut tentang MSDN di sini dan di Administrasi SQL Server 2005 Awal (Google Buku) di sini.