Yah saya akhirnya menemukan jawabannya - meskipun ini adalah sedikit metode brute force. Di dalam alat admin, saya harus menjalankan catalog.sql dan catproc.sql - yang membuat ulang objek sys.
Ini, diikuti oleh utlrp.sql menyelesaikan semua masalah saya, dan sekarang semua objek berhasil dikompilasi.