Anda tidak dapat menggunakan parameter dalam kueri seperti itu. Tanpa masuk ke logika di balik ini, opsi terbaik Anda adalah menggabungkan string kueri sebelum membuat kueri
String queryString = "select COUNT(tl.LOG_ID) AS EVTCOUNT,tl.PRIORITY FROM Customer_" + custId + " tl Where tl.DEVICE_REPORTED_TIME >= SysDate-90 GROUP BY tl.PRIORITY ORDER BY tl.PRIORITY";
Query query = session.createSQLQuery(queryString);
EDIT
Adapun NamedQueries, mereka dikompilasi saat aplikasi dijalankan, jadi menurut saya tidak ada cara untuk mengubah entitas target (tabel) saat runtime.