Saya dapat menyelesaikan masalah saya dengan menghapus instalan dan kemudian menginstal ulang semua perpustakaan (sebagai paket ubuntu), penerjemah python, semua kode, dengan membuat ulang database (termasuk menginstal ulang postgis) dan kemudian dengan me-restart sepenuhnya nginx (dan jadi gunicorn). Namun, tidak ada perpustakaan yang diperbarui, jadi saya masih tidak mengerti apa yang sebenarnya terjadi.