Itu adalah kasus penggunaan umum untuk row_number()
fungsi jendela. Dengan asumsi tabel utama Anda adalah T, kueri ini harus bekerja dengan postgresql 8.4 atau yang lebih baru:
update T set local_id=s.rn
from (select id,row_number() over(order by id) as rn from T where local_site_id=2) s
where T.id=s.id;