Ternyata cara import saya salah.
Tapi pada dasarnya, impor harus seperti ini:
import clr
import sys
sys.path.append(os.path.abspath('./DLL')) #where your dlls are
clr.AddReference('System')
clr.AddReference('FluentNHibernate')
from FluentNHibernate.Cfg.Db import PostgreSQLConfiguration
Tidak perlu mengimpor DLL jika DLL lain mengimpornya di clr.