Nah ini tidak ada hubungannya dengan Kohana. Saya akan merekomendasikan Anda untuk tidak melakukan ini melalui PHP karena Anda kemudian memiliki batasan memori dan waktu. Jika bisa, gunakan terminal.
mysql -u [username] -p [password] [database name] < [filename.sql]
Mengganti [value]
dengan nilai masing-masing.