Ini hanya masalah menginstal versi 3.5.8.2. Lihat http://docs.phpmyadmin.net/en/latest /setup.html#quick-install .
Jika Anda belum menginstal tabel penyimpanan konfigurasi phpMyAdmin yang khusus untuk versi 4, Anda tidak perlu melakukan apa-apa lagi. Tentu saja, itu tergantung pada URL yang Anda gunakan untuk mengunjungi phpMyAdmin, dan apakah Anda menginstal versi 4.0 sendiri atau menggunakan instalasi yang sudah dikemas sebelumnya.
Saya tidak mengerti mengapa Anda kehilangan database Anda dengan melakukannya.