Saya baru-baru ini mengalami masalah ini di Mac OS Sierra juga. Server Apache berfungsi tetapi mysql tidak. Setelah mencari solusi, membaca banyak posting saya menemukan solusi ini. Dan itu berhasil!
Solusinya adalah menavigasi ke folder mysql, dalam kasus saya ini,
/Applications/MAMP/db/mysql56/
dan hapus semua file kecuali folder. Kemudian restart MAMP lagi.