Setelah beberapa penyelidikan lebih lanjut, saya mendapat jawaban atas pertanyaan saya sendiri. Alih-alih menggunakan variabel oid secara langsung atau menggunakan string, saya harus menggunakan fungsi BCON_OID. Kueri berikut membantu mengambil apa yang saya inginkan:
qry = BCON_NEW("$query", "{", "name", "{", "$in", "[",
BCON_OID(oid1), BCON_OID(oid2), BCON_OID(oid3), "]", "}", "}");