Kerugian utama adalah bias kueri. Fenomena bahwa database seperti itu cenderung dirancang dengan satu jenis kueri tertentu, dan menjadi sulit untuk ditangani saat kueri lain perlu ditulis.
Misalkan Anda memiliki Siswa dan Kursus, dan Anda memodelkan semua itu sehingga Anda dapat mengatakan, dalam satu baris dalam satu tabel, "John Doe mengambil {Prancis, Aljabar, Teori Relasional}" dan "Jane Doe mengambil {Jerman, Fungsional Komputasi, Teori Relasional}".
Itu memudahkan untuk menanyakan "apa saja mata kuliah yang diikuti oleh ...", tetapi coba dan bayangkan apa yang diperlukan untuk menghasilkan jawaban atas "semua siswa yang mengikuti Teori Relasional".
Coba dan bayangkan semua hal yang seharusnya dilakukan oleh sistem itu sendiri untuk memberikan kueri seperti itu (jika mungkin untuk menulisnya) peluang apa pun untuk melakukan secara wajar ...