Maaf, saya sudah menyelesaikannya sendiri.
Masalahnya adalah urutan mendeklarasikan Skema.
Berhasil jika saya mencoba perubahan ini.
/* first, children's schema */
var ChildSchema = new Schema({
name: String,
}, {_id: false});
/* seconds, parent's schema */
var UserSchema = new Schema({
name: String,
children: [ChildSchema],
});