Tidak, itu tidak mungkin. MongoDB adalah aplikasi C++ asli yang menggunakan file yang dipetakan memori, membuka soket, dll. Itu tidak akan berjalan di JVM.
Juga, MongoDB dibuat untuk aplikasi skala web, data besar, cluster failover (set replika) dan auto-sharding, tidak ada yang benar-benar masuk akal dalam aplikasi tertanam. Selain itu, ini cukup agresif dalam hal penggunaan memori yang tidak diinginkan untuk aplikasi yang disematkan.
--EDIT setelah komentar zero323--
Anda mungkin ingin melihat db4o database objek untuk java yang dibuat untuk disematkan.
Juga, saat menyematkan basis data, lisensi dapat menggigit Anda dan memaksa Anda untuk melepaskan kode Anda di bawah lisensi yang sama, dalam kasus MongoDB, AGPL.