TypeError:Tidak dapat menggunakan operator 'in' untuk menelusuri '_id' di [{}]

itu karena req.body Anda berisi alamat:'{}' yang merupakan string bukan array dan bukan objek jika Anda menulis

 var body={ name: 'santhu', address: []}; //and not { name: 'santhu', address: '{}'}
 var employee = new Employee(body);

itu akan bekerja dengan baik