Saat ini Anda mencoba memperbarui berdasarkan string, bukan ObjectId.
Pastikan untuk menginisialisasi ObjectId baru dari string saat membuat kueri Anda:
mongoDB.getCollection("restaurants").updateOne(
new BasicDBObject("_id", new ObjectId("56110fe1f882142d842b2a63")),
new BasicDBObject("$set", new BasicDBObject("zipcode", "10462"))
);