TypeError:Object.keys memanggil non-objek saat memperbarui dokumen

Menjawab pertanyaan saya sendiri

Saya dapat memecahkan masalah dengan mengubah:

User.findOne(req.user._id, function (err, user) { [...] });

Ini:

User.findById(req.user._id, function (err, user) { [...] });