Untuk memperbarui dokumen, MongoDB harus mengambil seluruh dokumen dari disk (kecuali jika sudah ada di cache), kemudian mengubahnya di memori, dan menulisnya kembali ke disk. Modifikasi juga ditulis ke oplog untuk direplikasi ke node sekunder.
Seiring bertambahnya ukuran dokumen, ini akan memakan waktu lebih lama untuk setiap dokumen, dan karena setiap dokumen menghabiskan ruang memori yang semakin besar, cache churn juga akan mulai menggerogoti kinerja untuk kueri yang tidak terkait.
Ukuran dokumen maksimum di MongoDB adalah 16MB. Jika dokumen ini sudah mencapai 4 MB setelah 10 menit, dokumen ini harus segera dipecah atau dipotong.