Saya tidak terbiasa dengan MongoDB secara khusus. Secara umum, membuka koneksi ke database adalah operasi yang relatif lambat dan mengikat sumber daya sistem. Apakah ini cukup penting dalam kasus Anda, saya tidak bisa mengatakannya.
Memiliki db yang berbeda untuk setiap pengguna akan menyulitkan untuk melakukan kueri yang mengakses data untuk banyak pengguna. Mungkin Anda tidak perlu melakukan ini.
Namun, saya akan berpikir akan jauh lebih sederhana secara umum untuk hanya memasukkan id pengguna di setiap catatan daripada membuat database terpisah. Apa keuntungan dari database terpisah? Oke, menghapus pengguna berarti mengatakan "jatuhkan database". Tetapi menghapus pengguna dari satu database harus berarti mengatakan "hapus dari tableX di mana pengguna=?; hapus dari tabelY di mana pengguna=?" dll untuk seberapa banyak tabel relevan yang Anda miliki. Saya tidak bisa membayangkan itu ratusan, kan? Mungkin sekitar setengah lusin baris kode?