Ok saya telah menemukan solusi untuk mendapatkan string base64 ke dalam format GUID di dalam node, untuk mengubahnya ini perlu dilakukan:
var mongo.require('mongodb');
var GUID = new mongo.Binary(new Buffer(<base65String>, 'base64'), 3);
dan sekarang saya dapat menanyakan database seperti ini:
collection.findOne({'_id' : GUID}, function(err, item) {
res.send(item);
});