Akhirnya menemukan jawabannya berkat grup google Mongoid. Detailnya di sini:https://groups.google.com/d/topic/ mongoid/T6XhqLtofTE/diskusi
Perbaikan satu liner adalah:
collection = mr_collection.send(:documents).sort(sort).limit(limit).skip(skip).to_a
Dalam versi mongoid yang akan datang, Mongoid::Contextual::MapReduce#documents akan diubah dari metode pribadi menjadi metode publik, dan .send(:documents) tidak akan diperlukan lagi.