Dalam hal ini saya lebih suka menetapkan ID terlebih dahulu ke sub-dokumen (yaitu sub._id = ObjectId() atau gunakan uuid paket jika Anda lebih suka uuid):jelas dan dapat diprediksi.
Juga ingat bahwa jika Anda sering melakukan kueri dengan id subdoc, bagus untuk ditambahkan (menggunakan ensureIndex() ) indeks untuk kasus penggunaan ini dalam koleksi.