Mongoose findOne dokumen yang disematkan oleh _id

Subdokumen memiliki metode .id() sehingga Anda dapat melakukan ini:

myModel.findById(myDocumentId, function (err, myDocument) {
  var subDocument = myDocument.mySubdocuments.id(mySubDocumentId);
});

Lihat http://mongoosejs.com/docs/subdocs.html sebagai referensi.