Tampaknya MongooseArray#pull metode hanya berfungsi jika elemen Anda memiliki _id properti.
Saya merasa lebih mudah menggunakan panggilan langsung ke update untuk menghindari kejutan seperti ini:
mongoose.model('organization').update(
{_id: user.organization},
{$pull: {members: {user: user._id}}},
function(err, numAffected) { ... }
);