Anda perlu secara eksplisit mendefinisikan jenis dalam definisi skema Anda yaitu
groups: [{ type: Schema.Types.ObjectId, ref: 'Group' }],
linkedUsers: [{ type: Schema.Types.ObjectId, ref: 'User' }]
lalu gunakan
User.findOneAndUpdate(
{ _id: fromUserId },
{ $pullAll: { linkedUsers: [idToDelete] } },
{ new: true },
function(err, data) {}
);
atau
User.findByIdAndUpdate(fromUserId,
{ $pullAll: { linkedUsers: [idToDelete] } },
{ new: true },
function(err, data) {}
);