Anda dapat melakukan ini menggunakan $where:
db.coll.find( { $where: "this.field1 > this.field2" } );
Tetapi:
Javascript dieksekusi lebih lambat daripada operator asli, tetapi sangat fleksibel
Jika kinerja menjadi masalah, lebih baik ikuti cara yang disarankan oleh @yi_H.