Mungkin waktu kursor Anda habis di server. Untuk melihat apakah ini masalahnya, coba setel timeout=False`:
for doc in coll.find(timeout=False)
Lihat http://api.mongodb.org/python/1.6/api/pymongo/collection.html#pymongo.collection.Collection.find
Jika itu adalah masalah batas waktu, satu solusi yang mungkin adalah mengatur batch_size
(s. jawaban lain).