Anda perlu menggunakan Notasi Titik untuk array.
Artinya, Anda harus mengganti $ dengan indeks berbasis nol dari elemen yang Anda coba perbarui.
Misalnya:
db.users.update ({_id: '123'}, { '$set': {"friends.0.emails.0.email" : '2222'} });
akan memperbarui email pertama dari teman pertama, dan
db.users.update ({_id: '123'}, { '$set': {"friends.0.emails.1.email" : '2222'} })
akan memperbarui email kedua dari teman pertama.
